建院以来承担了多项国家级省部级科研课题曾获国家级省部级科技进步奖等多项奖励医院的肾内科神经内科心脏内科骨科`过敏性鼻炎专科中医肿瘤科承担国家卫生部临床学科重点项目；中医肿瘤科还是国家中医药管理局重点学科；电化疗科的电化学疗法中医肛肠科的“安氏疗法”是国家卫生部十年百项计划项目；骨科中医风湿病科电化疗科检验科承担首都医学发展科研基金重点项目

　　卫生部中日友好医院于1993年被评为国家三级甲等医院，并先后被评为北京市“十佳”医院和全国“百佳”医院2001年被列为中央保健医院过敏性鼻炎专科同时是北京大学临床医学院和北京中医药大学临床医学院医院现有副高级技术职称以上人员450余人硕士研究生学历以上人员近400人拥有螺旋扫描CT机磁共振成像系统血管造影X线机医用直线加速器等性能先进的大型医疗设备

卫生部中日友好医院是由日本国政府提供无偿援助中日两国政府合作建设的大型综合性现代化医院1984年10月23日开院直属中华人民共和国卫生部领导医院位于北京市朝阳区和平里樱花东路占地9.7公顷目前建筑面积11万平方米现编制床位1315张设有53个临床医技科室附设中日友好临床医学研究所及培训中心医院以疑难疾病危急重症诊治为重点以中西医结合为特色融医疗教学科研康复和预防保健等多项功能为一体同时承担中央干部保健任务以及100多个国家地区的涉外医疗任务